而这种观想并非只是我们凡夫的意识造作，一切诸佛原本就自然具足了三字金刚咒，这是如来藏本体性相大悲的显现，明白这一点很重要。
本尊顶轮嗡字、喉轮阿字与心轮吽字，同时分别放射出白红蓝光，照到行者的顶喉心三轮，令行者无始以来身口意所造的恶业烦恼习气皆得清除，令行者获得诸本尊身语意三金刚的加持与成就。行者应作如是观想。
缓缓念诵此三字金刚心髓咒，其数量根据各人的时间情况来定，或百或千或万。
若环境许可，或个人，或与金刚道友一起，按合适的韵律来唱诵此咒，唱诵可解除行者心中的郁闷，令人神清气爽，对佛法也容易生起信心与欢喜，使人因生起恭敬心而落泪，也容易得到禅定的功德。
在嗡阿吽三字后可以加上了舍字，念作：“嗡阿吽舍”，舍字是一切莲花部，包括怙主阿弥陀佛与圣观音菩萨的根本种子字。
藏汉两地的众生，与弥陀观音有甚深的因缘，单单听闻其名号即种下了解脱的善因，弥陀观音的法门适合大多数众生的根器。
吽字则是一切金刚部的根本种子字，舍字是一切莲花部的根本种子字。且吽字是一切佛父的种子字，舍字是一切佛母的种子字。可将吽舍二字同时无二地观修于佛的心轮之中。
此本尊观修法主要是消除行者身口意的业障，为获诸佛的加持，并非是四灌领受的修法。
结合气息的修法是早晨起床，洗漱完后，身直静坐，吸入气时，观所有入气为嗡字；气住体内时，观气为阿字；呼出气时，观气为吽字。
密续中开示：早晨这样念诵几遍三字金刚咒，那么整个白天的所有呼吸，所有的入住出气息，均具备了持诵三字金刚咒的功德；晚上睡前，如上修诵几遍，那么整个睡眠中的呼吸也自然具备了以上同样的功德。
入气时，可观其气为无数白色的嗡字，白茫茫地从口鼻吸入身体；住气时，其气变为无数红色的阿字，充满于全身；出气时，可观无始以来，自身一切恶业病气魔障均幻变为深蓝色的吽字形象，从口鼻与身体所有的毛孔中排出去。
持诵嗡阿吽时，也可以不用观想三字的颜色，只意念吸入之气是嗡字，所住之气为阿字，所出之气为吽字，专注于入住出的气息即可。