嗡阿吽有外内密三义。不过，在这三个层次上嗡代表身，阿代表语，吽代表意。他们代表一切诸佛的身语意转化功能的加持。
就外在意义而言，嗡净化一切身恶业（身有三恶：杀生、偷盗、邪淫），阿净化一切语恶业（语有四恶：妄语、恶口、绮语、两舌），吽净化一切意恶业（心有三恶：贪、瞋、痴。）。由于净化你的身、语、意，嗡阿吽提供诸佛的身语意加持。
嗡也是形色的精华，阿是声音的精华，吽是心的精华。念这个咒，你就是在净化环境、你自己和其他一切众生。嗡净化一切认知，阿净化一切声音，吽净化心及其思想、情绪。
就内在意义而言，嗡净化脉，阿净化气，吽净化明点。
在较深的层次里，嗡阿吽代表莲花部诸佛的三身，嗡是法身，阿弥陀佛；阿是报身，大悲观世音菩萨；吽是化身，莲花生大士。这个咒象征三身体现于莲花生大士。
就秘密的意义而言，嗡阿吽带来心性三个层面的证悟：嗡带来它源源不断的能量和慈悲的证悟，阿带来它光辉的自性证悟，吽带来它虚空般的明点的证悟。
密宗念诵咒语修持方法，主要是利用一种特别音符，震动我们身体内部气脉，使它激发生命潜能，以超越惯有的现象，通于人天之间极为奥秘的至理明言，进入极神妙之领域，启发神通与般若智慧。
“嗡、阿、吽”三字明是修持密宗法教中，极为重要咒音，对此三字总持圆满广大功德上，嗡、阿、吽表三身体性的圆满，即是法报化三身、大手印身。此三字除了在生起次第有清净三业，转三业为三密的功德之外，在大手印或大圆满的，或在圆满次第、金刚诵法方面，皆有许多成佛修持大法。故仅仅嗡、阿、吽三字，就有无量无边法门，能由此而离诸三业烦恼，证得一切三身体性圆满成就。
当师父在修法时，开始都会念此三字，此即召请十方诸佛如来，并与法界融结成一体，亦是圆成三身体性的重要秘密。此三字即是大手印心亦是一切身口意，法界秘密功德，是我们成就一切法报化三身，六大神通功德体性之光明，现起一切神通之来源。
实际上“嗡、阿、吽”三字，也是印度梵文声母的总纲，因此，只用此三个字的发音，组合成为一句咒语，便是普贤王如来的三字根本咒了。普贤是普遍而贤善地充满一切处所，无时无处而存在的意思。
“嗡”是宇宙原始生命能量的根本音，也是形而上天部的声音，它含有无穷无尽的功德。若就人的身体而言，它是头顶内部的声音，和人自掩盖耳朵时，自己所听到心脏与心脉流动声音相近。所以，凡是念诵嗡字部发音的咒语，必须要懂得它发音善巧的妙用。就以最低效果来说，它可以使我们头脑清醒，精神振发。假如伤风感冒，若连续不断地念此字音，也可以使头部出汗，得到不药而愈的疗效。
“阿”是开辟宇宙万有生命生发的根本音，也是形而中人部的声音。它具有无量无际的功能。同时，阿字是开口音，是世间一切生命开始启发的声音。如净土宗常念诵的阿弥陀佛，便是属于密宗阿字部的开口音，也可以说是莲花部的基本声密。如果我们能掌握了“阿”部音妙用，就可以开启身体内部脉结，同时也可以清理五脏六腑间之各种宿疾。
“吽”是万有生命潜藏生发的根本音，也是物理世间的地部的声音。就人体而言，“吽”是生法宫的声音，如果懂得以吽部音来念诵，可以震开脉结，启发新的生机与契机。最少也可以达到健康长寿的效果。例如，我们日常所念诵观音菩萨的六字大明咒“嗡嘛呢叭咪吽”，便概括了“嗡”字与“吽”字的咒身，至于其中“嘛呢叭咪”四字之音，都是“阿”部音的变化妙用。
总之，“嗡、阿、吽”咒语之广大无量无边功德神力，以及咒语的音声与人体的关系，的确不是以片言片语或文字可尽其妙、讲其究竟的。也唯有亲入佛性妙海，方能真正明白，诸佛如来之广大功德体性，到了如何圆满之境?否则若只以凡夫心来测佛心，一个是识一个是智，一个是堕落六道生死轮回，一个则是成就虚空菩提，两者是无法相比的。有了这层体会，我们更应发奋策励自己潜心修学佛法，以身体力行加以求证的结果，或许在有生之年可以了解它的奥妙于万一。
“嗡啊吽”是一切诸佛身口意的种子字，也是一切诸佛身口意的精髓与精华。念诵“嗡啊吽”一定能够得到诸佛身口意的加持，使自己的身口意迅速得到清净。