虽然桑梓儿对石越抱有极大的信心，而石越亦确有乐观的理由，但是事情却并非总能尽如人意。
韩维接到皇帝的手诏之后，和曾布面面相觑，几次过堂，孙觉、桑充国谈笑自若，程颐辞色俱厉，现在唯一能定案的，只有段子介阻差办公。邓绾却大言不惭：“二公何必担心，若让邓某用刑，还怕桑充国不招，数日之间，便能有结果。”
韩维冷笑道：“屈打成招，那是冤狱，不是定案。”
曾布也说道：“桑充国一介书生，若抵讯不过，死于堂上，我们三人都脱不了干系，当务之急，是搜捕那十三名学生。”
邓绾只不住冷笑：“桑充国什么也不招，天下之大，怎么去搜捕那些人？”
争论不休之下，结果三人干脆各自拜表。
韩维上的结论是：“孙觉、程颐为《白水潭学刊》编审，其纵容之情属实。然臣以为书生议政，并非有罪，宰相当宽弘以待，以免阻塞言路。桑充国实不预此事，此邓绾无事生非，当无罪释放。段子介阻差办公，杖责二十。臣另有表弹劾邓绾……”
曾布则拜表：“孙觉、程颐纵容之情自是属实，难逃其罪。桑充国实不预此事。段子介阻差办公，当杖责释放。”
邓绾又自有不同：“查白水潭之案，桑充国实为主谋。其素代石越主持校务，凡诸事未经其手，焉得施行？然臣沮于韩维、曾布，多有掣肘，遂不得定其罪实。孙觉、程颐二人，或有官命在身，或当世之所谓大儒者，却肆意纵容门生，诋议朝政，攻击大臣，下狱之日，又阴使门生故吏喧哗于市井当中，其心实不可测。若不严惩，难戒来者。段子介一举子，腰怀白刃，公然胁迫朝廷命官，目中无全王法，名为圣学弟子，实无异于亡命之徒，臣以为当革去功名，永不叙用。又十三主犯逃逸不知所踪，当行文各路通缉。石越管教失当，白水潭所致，竟皆为亡命无法之辈，平日已于酒楼拳脚相向，一朝有事，或逃逸王法，或持刃抗命，臣实忧之。请议整顿白水潭学院，勿使鱼龙混杂，后患无穷。臣另有表弹劾石越无礼法治邪说等十事，弹劾韩维与石越为朋党沮丧断案等七事。”
三人表章同时奏上，立时引来轩然大波。
赵顼本来想从轻处置这件案子，快快结束。不料三个法官意见各有不同，而且至于互相攻讦，真是让他无比气愤。而段子介竟然以白刃拒捕，更让他觉得不可理喻。而三个宰执大臣的意见，却完全相反。
王安石认为公开诋毁朝政，有损朝廷变法之威信，这件事自当严惩。而从段子介等诸事看，白水潭的确鱼龙混杂，的确需要整顿。对于桑充国，他反而没什么意见，毕竟桑充国还不值得他重视，只要给天下人做了一个样子，告诉他们朝廷推行新法的决心容不得别人说三道四，顺便能在白水潭施加自己的影响力，这件事就算是可以了。
冯京没有办法和王安石正面交锋，就干脆击攻邓绾其心不正，判案必然不公。当韩维所说为是。而白水潭学院纵有轻狂之士，亦与石越无关，对白水潭学院也无大损，因为没有人可以保证几千人里没有一两个轻狂之人的。
王珪谁也不想得罪，干脆来个称病，躲得远远的。
韩维和石越，因为受到邓绾的弹劾，不得不暂时避让，等待皇帝做最后的裁决，因为邓绾是谏官，他是有特权的。其实韩维是避之惟恐不及，恨不得受邓绾弹劾，不用去管这宗差使。只是心里恨邓绾恨得牙庠庠的，连续上表弹劾邓绾，一直翻老账，骂邓绾人品不堪，是王安石的奴才。
而石越却断非坐以待毙之人。皇帝的心意一日三变，一方面自然觉得王安国等人说得对，读书人议论时政，并非坏事，甚至是好事；一方面又觉得王安石说得有理，让这些胡说八道，对变法所需要的威信，是个极大的打击，自己犹须保护这些坚持变法的臣子，在这件事上，断难退步。对于白水潭学院，一面他又偏向石越，以为石越所学，实在谈不上什么邪说，白水潭学院自有可取之处；另一方面，他又不能石越的百家争鸣政策，更不能接段子介拿着弯刀拒捕这样的事情。
赵顼的心意如此摇摆不定，做臣子借机互相攻讦，那就在所难免了。更何况，朝廷的大臣，本来就因为政见不同而面和心不和。
然而看到邓绾步步紧逼，王安石意欲插手白水潭之后，石越已经没有丝毫退路了。本来他还是希望在这件事上能够不了了之，和王安石有一个妥协。但是白水潭学院是石越心血所系，可以说是他辛苦经营，好不容易才有今天这般成绩的老巢，是他心中影响历史转轮的能量之源。王安石想借机加深对白水潭的影响力，那是把石越逼上了绝路。